继发性癫痫神经调控治疗有两种方式，即重复经颅磁刺激(rTMS)和迷走神经刺激(VNS)，神经调控治疗作为一项新的神经电生理技术，在国外神经调控治疗癫痫已经成为最有发展前景的治疗方法，目前在国内已经普遍应用，患者可根据实际病情在医生的建议下展开治疗，效果相对比较明显。
1、重复经颅磁刺激(rTMS)：
rTMS是应用脉冲磁场作用于大脑皮层，从而对大脑的生物电活动、脑血流及代谢进行调谐，从而调节脑功能状态。低频磁刺激治疗通过降低大脑皮质的兴奋状态，降低癫痫发作的频率，改善脑电图异常放电，对癫痫所致的脑部损伤有修复作用，从而达到治疗癫痫的目的。
rTMS对癫痫等多种慢性脑功能疾病均有较好疗效，不存在药物或手术治疗对人体造成的损害，对认知功能无影响，安全高、副作用很小、治疗费用低廉、患者容易接受。多疗程rTMS可以明显减少癫痫发作频率和发作严重程度。因此rTMS有望成为一种潜力巨大的、独特的治疗癫痫的新手段。对于皮层发育不良或致痫灶位于皮层的癫痫患者其疗效更好，可显著减少患者癫痫发作次数(治疗期间可减少71％发作)，甚至部分患者(66％)可达到完全无发作。
2、迷走神经刺激(VNS)：
迷走神经刺激器被埋藏在胸部皮肤下并通过金属丝延伸与迷走神经相连。VNS植入后，它就会按一定的强度和频度对迷走神经进行刺激，从而阻止癫痫的发生。对于多种抗癫痫药物治疗无效，或者其他形式的手术无效者，均可以考虑使用这个方法。